Корінь завжди додатковий, стебла добре розвинені у деревовидних форм; у трав'янистих папоротей пагони найчастіше представлені кореневищами, часто покриті різними волосками і лусочками, в корі стебла є механічна тканина, в центрі - кілька концентричних провідних пучків; ксилема, утворена трахеїдами, оточена флоемою з ситовидних клітин без клітин-супутниць.
Листя (вайї) тривалий час, як і пагони, зберігають здатність до верхівкового росту; можуть бути як цільними, так і пір'ястими; типовий цілісний листок, диференційований на черешок і листову пластинку, у переважної більшості папоротей листя перисте.
